1.殼寡糖可以優化人體腸道菌群，糾正腸道菌群失調，促進雙歧桿菌(BifidobacteriUIn)、乳桿菌(Lactobacillus)等有益菌的生長繁殖，對腸桿菌及其它有害微生物具有抑殺作用。通過增強腸道有益菌的代謝功能，提高腸道內有益健康的優勢菌群的構成和數量，抑制有害菌的生長繁殖和腐敗物質的生成，從而增強人體的健康。

2.作為功能性甜味劑。殼寡糖特別是殼二糖、三糖具有非常爽口的甜味和良好的保濕性和耐熱性，在人體內很難被消化液降解，也很少被消化道吸收，因而幾乎不產生熱量，是糖尿病人和肥胖病人理想的功能性甜味劑。

3.殼寡糖具有許多親水的游離氨基和羥基，對水有很強的親和力和保留性，因而可用于果蔬食品的保鮮，起到保濕、增濕的作用。

4.殼寡糖具有很好的防腐性能，可以作為食品防腐劑。殼寡糖的游離氨基帶有大量的正電荷，而微生物細胞表面帶負電荷，因此，殼寡糖很容易被微生物吸附。這樣就干擾了微生物細胞表面的帶電狀態，導致細胞通透性增加，胞內物質外泄，從而使微生物死亡。

5.殼寡糖可促進鈣的吸收，效果比乳糖、Vc更好。研究發現，聚合度為3一7的殼寡糖能減少糞便鈣排泄，增加鼠股骨的骨折力。與殼聚糖會減少鈣的吸收作用不同，殼寡糖會增加鈣和其它礦物質的吸收。

6.殼寡糖具有調降血壓、消除脂肪肝、降低肝臟和血清中的膽固醇、抗腫瘤、增強機體免疫力等作用，因而可以作為保健食品或功能性食品添加劑。目前日本、美國、歐洲已將殼寡糖作為功能性食品成分應用于飲料、糖果、糕點等食品中，或直接加工成保健食品出售。